اگرچه هنوز علت دقیق بیماری کیست مویی یا سینوس پیلونیدال شناخته شده نیست، اما حدس و گمان‌ها نشان از این مدعا دارد که علت آن اکتسابی و ترکیبی از تغییرات هورمونی پس از بلوغ، رشد مو و اصطکاک ناشی از لباس طی نشستن طولانی‌مدت است.
هورمونهای جنسی برای اولین بار در سن بلوغ تولید می شوند که با تحت تأثیر قرار دادن غدد سباسه ممکن است آغازگر بیماری پیلونیدال باشند. از طرفی فعالیت‌هایی که باعث اصطکاک می‌شوند، موهای در حال رشد در منطقه را مجبور به پسرفت در زیر پوست می‌کنند. بدن به صورت ذاتی موهای زیر پوستی را به عنوان یک جسم خارجی تلقی می‌کند و یک پاسخ ایمنی نسبت به آن راه می‌اندازد. این پاسخ ایمنی می‌تواند به شکل کیست در اطراف موها بروز کند. پوست تحریک شده متورم، قرمز و دردناک خواهد شد.
احتمال ابتلا به بیماری سینوس پیلونیدال در صورت داشتن برخی شرایط افزایش پیدا می‌کند که شامل: